东京召开首脑会议，地点是东京湾的新设备「Edge of Ocean」。这是一座，会议举行的5月1日当天，将动用2万2千人警方人员的超庞大设备。但是不料某天，竟发作了突如其来的大规模爆炸事情！其中，出现了可以掌控全国公安警察的警察厅秘密组织——通称「ZERO」组织的成员安室透的身影。为何不在会议当天，而选择在会议之前引爆呢？以及安室背后里诡异的行为，让柯南感到事情蹊跷不已。这时，现场证物上留下的指纹，居然与过去所属警视厅的毛利小五郎的指纹相吻合！其中究竟有什么阴谋？围绕拘捕小五郎，柯南和安室展开了交兵。安室透这个谜普通的存在，终究是敌是友？「极秘义务」的倒计时，此时曾经无声无息地末尾了——